水有酸碱之分。水的酸碱度是由溶解于水中的矿物质决定的。天然的水里往往含有钾、钙、钠、、偏硅酸等多种矿物元素，多呈弱碱性，pH值大于7。去离子化处理过的水往往不含有这些重要的矿物元素，多呈酸性，pH值小于7。
纯净水可以有效地去除水中的阳离子，因此对水的来源要求低，微污染水甚至污染水都可以作为水源水，在去除污染物的同时，也把阳离子去除了。饮用天然水则反之，对水源要求高。
天然水取自未受污染的泉水、水井、水库、湖泊或高山冰川等天然优质水源，经过一系列过滤工艺净化而成，水中存在多种天然矿物元素，水质呈天然弱碱性，是适合人体长期饮用的水。
纯净水一般以城市自来水为水源，通过反渗透等工艺去除水中所有杂质，但同时也去除了人体所需的钾、钙、钠、等天然矿物元素，水质一般呈酸性。