冬季气温低，菌丝生长速度缓慢，子实体形成数量少，长菇慢。
菌棒管理的重点是；首先，提高菇畦床温，控制空气相对湿度和防寒保暖。
因菌棒已产过几批菇，养分消耗较大，水分散失较多，应让菌棒休息生息、养菌复壮，再给菌棒注水。
冬季在朔料大棚菇房，采用“包被式”覆盖，每茬菇间隔时间20天。此外，冬季光照，要注意给予菇房一定的散射光。在香菇栽培中若光线不足，菇盖颜色呈浅褐色至黄灰色，还会导致菇柄拉长，从而降低香菇的商品价值。只有在300~500勒克斯散射光下生产出的香菇才能正常着色。尤其是用草帘覆盖的菇房不能盖得太严，要留有空隙。
可利用冬天干冷气候生产花菇，一般气温在8°C以下时，菇盖表面轻易发生龟裂，栽培上可在夜间抛开料薄膜，让冷空气突然袭击菇体，待菇盖出现裂纹后，再将温度保持8°C以上培养。培养期间，菇体始终不能雨淋，经常保持干燥气流吹过，成熟后及时采收。这样，可以生产出质嫩、柄短、肉厚的花菇。