实验室排水系统应该根据相应的排出废水的性质、成份和受污程度来进行设置。
有害物质的排放要符合相应的国家标准，因此，对于有害物质要先进行一定的处理才可排出。甚至要设置独立排水的管道进行局部处理，方可排入室外的排水管网。而对于一些含有无害的胶状物体、悬浮物体或设备冷却水，因其受污并不严重，可以直接排放到室外的排水管网。但是，如果这些废水要进行重复使用的话，则要进行相应的处理。
排水管道的设置同样需要进行合理的布局，转角尽量少，以防止杂质堵塞，在安排上要相对集中，这样就便于出现故障后的维修。排管时要尽量沿着走道、柱角、墙壁、天棚等，但要注意，避免穿过精密仪器室等卫生安全需求较高的实验室。主管道应尽量安排在靠近杂质较多、排水量较大的设备的位置。
放射性废水的排放，要按照其化学性质和其放射性水平分流排出，同时要进行一定的处理。废水量不大的小型实验室可采用一个排水系统。但是废水量虽小但是浓度却较高，则可用专门的容器进行收集，送往废水贮存处或进行相应的处理。排出的放射性废水不可贯通洁净区，而应由洁净区向受污区排流，避免扩散污染。如果放射性水平较高的话，就要设置专用的排水管沟、竖井、管槽，同时采取必要的防护措施。如果放射性废水有腐蚀性，则一定要选用恰当的耐腐蚀材料来制作管料，避免腐蚀泄露。—般而言，管沟可以用砖砌筑，若需要防护或地下水位较高就需要用混凝土砌建。管沟的覆面则用水泥抹面，碳钢或不锈钢复面，同时刷防锈漆。