乳酸菌饮料与乳酸饮料同属酸性乳饮料，都是以鲜乳或乳制品为原料，前者经乳酸菌发酵加工制成，而后者则未经发酵加工制成。乳酸饮料保质期要比乳酸菌饮料长。两类产品的成品中蛋白质含量都要求在0.7%以上。消费者在购买时，要根据其产品是否通过发酵，是否含有活性乳酸菌及其蛋白质含量进行选择。
经乳酸菌发酵酸菌奶酪蛋白及乳脂被转化为短肽、氨基酸和小分子的游离脂类等更易被人体吸收的小分子。奶中丰富糖已被分解成乳酸，乳酸与钙结合形成乳酸钙，极易被人体吸收，也可被乳糖不耐症人群选用。乳酸菌奶能促进胃液分泌，促进消化，对胃具有保养功能，并能抑制肠道内菌的生长，其生物保健价值远远高于牛奶。
活性乳酸菌饮料，也就是通常所说酸菌饮料，一般不具有活性，其中酸菌在生产过程中的加热无菌处理阶段时已被杀灭。这种饮料可在常温下贮存和销售，也就不存在活性乳酸菌的功效。我们消费者在购买这类饮料时要看清产品标识及配料，区分好乳酸饮料、非活性乳酸菌饮料和活性乳，搞清楚它们的营养价值。
饮料贴牌厂家建议消费者在挑选和购买乳酸菌饮料相关产品时，应关注其相关标示，尤其是应学会区别杀菌型和未杀菌型乳酸菌饮料，从贮藏条件来看，未杀菌型乳酸菌饮料即活性乳酸菌饮料，应在低温条件下（2-6℃）贮藏，产品从出厂、运输到销售均应在低温条件下进行，而杀菌型乳酸菌饮料的贮藏条件不要求低温，一般在室温下销售即可；从保质期来看，未杀菌型乳酸菌饮料在低温条件下保质期一般为21天，而杀菌型乳酸菌饮料保质期则可达到6个月。
冰镇酸菌饮料吃多的话会影响食欲，使小儿不愿吃正餐。而且乳酸菌饮料的蛋白质含量仅有1%。因此从营养价值上看，乳酸菌饮料远不如酸奶，不能用乳酸菌饮料代替牛奶、酸奶来喂哺宝宝，否则容易造成营养不良。