一、影响胃肠功能
蜂蜜变质的主要原因是微生物大量繁殖，其中最典型就是酵母菌(耐糖酵母菌)，酵母菌不但能将蜂蜜中的糖分解成酒精、醋酸等，而且在分解过程中还会产生很多有毒物质，因此吃变质的蜂蜜对胃肠功能有不利的影响，尤其是本身胃肠功能就较差的人甚至可能引发急性胃肠炎。
二、加重肝脏负担
肝脏是人体的解毒器官，人体内代谢或摄入的都必须依靠肝脏来解毒，蜂蜜变质的实质是微生物在蜂蜜中大量繁殖，而微生物的繁殖过程中将代谢出大量有毒物质，因此吃变质的蜂蜜会加重肝脏的解毒负担，严重时甚至对肝脏、肾脏、膀胱等器官的正常运作都有影响。
三、导致食物中毒
蜂蜜变质初期几乎都是耐糖酵母菌的大量繁殖，之后蜂蜜的抑菌效果将随耐糖酵母菌的繁殖而降低，最终蜂蜜将变成各种微生物繁殖的天堂，这些微生物繁殖的同时将产生大量有毒物质，因此吃变质的蜂蜜极易导致食物中毒，尤其是对胃肠及肝肾功能较弱的人而言可能更严重。
总结：蜂蜜变质的主要原因是微生物大量繁殖，而这些微生物将代谢出大量的有毒物质，因此严重变质的蜂蜜是不能再食用的，吃变质蜂蜜不但对胃肠功能有不利影响，甚至可能因肝脏负担过大而引起食物中毒。