2016年，化肥行业多项优惠政策相继取消，包括优惠电价、优惠天然气价、优惠运输价格等，增加了企业的生产和销售成本。
2015年4月，国家发改委发布《关于降低燃煤发电上网电价和工商业用电价格的通知》，要求逐步取消化肥电价优惠，化肥生产用电执行相同用电类别的工商业用电价格，2016年4月20日起全国不再保留化肥生产优惠电价。2016年10月，太原、郑州、乌鲁木齐、西安和呼和浩特铁路局全面调整货物运输价格，部分铁路局直接取消化肥优惠政策。11月，国家发改委下发《关于推进化肥用气价格市场化改革的通知》，决定11月10日起全面放开化肥用气价格，同时鼓励化肥用气进入石油天然气交易中心等交易平台，通过市场交易形成价格，实现价格公开透明。
此外，2015年财政部决定恢复征收化肥增值税，自2015年9月1日至2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。目前，过渡期政策到期，化肥统一开始征收13%增值税。