2000年，通河县辖5个镇、9个乡:通河镇、乌鸦泡镇、清河镇、浓河镇、凤山镇、创业乡、依山乡、祥顺乡、三站乡、蚂螂河乡、桦树乡、洪太乡、富乡乡、岔林乡。
2002年通河县乡、镇、村合并，2003年年末，通河县设6个镇，2个乡:通河镇、乌鸦泡镇、清河镇、祥顺镇、浓河镇、凤山镇、富林乡、三站乡。设40个居民委员会，82个行政村。
2009年，通河县辖6个镇、2个乡:通河镇、乌鸦泡镇、清河镇、浓河镇、凤山镇、祥顺镇、三站乡、富林乡。82个行政村、216个自然屯。通河县城坐落于通河镇内，辖6个社区、50个居委会。境内有:清河林业局、兴隆林业局办事处、岔林河农场。