南部宋真宗咸平四年（1001年）在今四川省地区置益、梓、利、夔四路，利州路仍置阆州阆中郡，领有南部、晋安、新政、新井、西水诸县。神宗熙宁四年（1071年）省晋安为镇入西水。南宋理宗淳佑二年（1242年）蒙军扰境，南部县治徙跨鳌山。
元至元十三年（1276年）罢阆州置保宁府，隶广元路；二十年新井、新政、西水三县并入南部县。元末明玉珍据蜀建大夏政权，南部县隶属未变。
明洪武四年（1371年）南部县治迁还旧址；十年南部县并入阆中，十三年又复置，仍隶保宁府。清代沿旧。
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