时至始新世末期（距今约3000万年左右），印度板块与中国的扬子板块相碰撞，导致世界最高的山脉——喜马拉雅山褶皱升起。这次喜马拉雅运动，强大的侧压力，震撼了整个亚州东部。峨眉山也不断遭受东西向主压应力的挤压，出现了强烈的褶皱和断裂，山体沿着峨眉山大断层的断裂面迅速地抬升，高度已达海拔2000米左右，形成峨眉山背斜，即峨眉山主体。峨眉山背斜开初还是一个呈南北向隆起的整体，但是其边缘又发生了一系列的断层，将背斜分割成若干大断块，特别是主压应力在北西、北东方向的“X”分压应力所造成的呈北西向断层，更进一步分割了峨眉山背斜。这为以后峨眉山的进一步迅速崛起和地形地貌的进一步形成，奠定了坚实的基础和格局。
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