黑水元为吐蕃宣慰司管辖，至元年二十七年（1290年），北部为松州毛尔盖千户领，其余为茂州叠溪土千户所领。明为松潘。
明初，在知木林置麦扎族长官司，明末置大姓黑水土百户，属松潘卫、茂州卫领地。
清在境北麦扎、乌木树、知木林、慈坝置土守备，属松潘厅。道光六年（1826年）改土归流，大姓黑水（丁寨等六寨）属茂州管辖。清末大黑水为梭磨宣慰司所辖，隶属理番厅；小黑水隶属松潘厅。
民国二十四年（1935年）属四川省第十六行政督察区。
1952年7月24日黑水解放，9月成立黑水行政委员会县级临时政权。
1953年12月置芦花县。1954年6月更名为黑水县。
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