清初依明建制，兰州隶属临洮府，卫属陕西都指挥使司。顺治十三年（1656年）裁卫归州。康熙二年（1663年）复设兰州卫。康熙五年（1666年）陕甘分治，设甘肃行省，省会由巩昌（今陇西）迁至兰州。乾隆三年（1738年），临洮府治由狄道移至兰州，改称兰州府，又改州为皋兰县。当时兰州府辖管狄道、河州二州；皋兰、金县、渭源、靖远四县。乾隆二十九年（1764年）陕甘总督衙门自西安移驻兰州，裁减甘肃巡抚。
1913年，废府（州）设道，并兰山、巩昌二府为兰山道（1927年改为兰山区），辖管皋兰、红水、榆中、狄道、导河、宁定、洮沙、靖远、渭源、定西、临潭、陇西、岷县、会宁、漳县等十五县，道尹驻省会皋兰县。1936年，划甘肃省为七个行政督察专员公署，皋兰、榆中属第一行政督察区（专署驻岷县）。
1941年7月1日，将皋兰县城及近郊划出设立兰州市，与皋兰县同治今兰州城关区。市区面积16平方千米，人口17.2万余人。1944年市区扩大，东至阳洼山，西至土门墩（不含马滩），南到石咀子、八里窑、皋兰山顶，北至盐场堡、十里店，面积达146平方千米。
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