南朝刘宋泰始中(465-471)，明僧绍(号栖霞)在摄山结庐而居，"抗迹人外"，与智度和尚相友善，有师友之谊。南齐永明七年(489)，明僧绍舍宅为"栖霞精舍"，请智度和尚主持，这就是栖霞寺的起源。
唐初将栖霞寺扩建，改名功德寺，增加殿宇49所，"楼阁延袤，宫室壮丽"，与山东长清的灵岩寺、湖北荆洲的玉泉寺、浙江天台的国清寺,并称四大丛林,是栖霞寺的黄金时代。唐高宗上元(674-676)年间,改功德寺为隐君栖霞寺，武宗时排斥佛教，寺被废。宣宗大中五年(公元851年)又重建。南唐时高越建舍利石塔，又重修栖霞寺，改称妙因寺；北宋太平兴国五年(980年)改名普云寺。真宗景德四年(1007)年改名栖霞禅寺,哲宗元礻右八年(1093年)改称岩因寺崇报禅院，又名景德栖霞寺或虎穴寺(因栖霞山又名虎穴山)，到明初洪武二十五年(1392年)才恢复栖霞寺的名称。
除政治上排斥佛教的原因外，由于栖霞寺所在地栖霞山临江屏立，山川形胜雄立楚尾，地势奇险，蔚成金陵防卫要冲，历来为兵家必争之地，自建寺以来，经历大战数见不鲜，故栖霞寺屡毁于战火，以致屡毁屡建。
栖霞寺历经千年风雨沧桑，至"0"期间又遭严重毁坏。自1980年起，人民0对这一千年古刹进行重新修缮，栖霞寺规模空前，名播遐迩。现寺前彩虹明镜和月牙池，右侧有明征君碑，左侧有赵朴初重修栖霞寺碑记亭；寺内有弥勒殿、毗卢宝殿、方丈室、法堂、藏经楼、鉴真纪念堂、祖堂、宗仰上人纪念堂、千佛斋素菜馆等，栖霞寺古建筑皆依山势，层垒而上，殿宇楼阁极其宏伟，殿西摄翠楼遥对东峰，凭栏远眺，风景如画。[毗卢宝殿]
入栖霞寺，出弥勒殿，经过方形天井，拾级而上，便是宏敞的毗卢宝殿，殿内雍容典雅，富丽堂皇。迎面正中供奉着一尊毗卢遮那佛，高约5米，连须弥座在内高达8.6米，金箔贴身，庄严肃穆。在其左右，侍立着梵天、帝释两天王，他们是"天龙八部"的成员，是佛教中的0神。大殿两庑，分列着二十诸天木雕像，均高2米以上,他们也是"天龙八部"的成员，这些雕像个个点金妆彩，造型生动，神态各异，光泽耀眼。毗卢遮那佛背后，是海岛观音群塑，表现的是观音普渡众生的三十二应身，形态各异，从容自若。这是寺庙中一组最热闹的群像。海岛中塑造有数十个人物，中央是巨大的南海观世音菩萨，其左右胁持为善财童子和龙女。大殿前侧左右各有大钟、法鼓一面，大殿后侧有两座雕刻精细、妆金涂彩的大型豪华佛龛，原系北京紫禁城的清朝遗物，1979年运至栖霞寺，佛龛内分别放着石刻观音像和阿弥陀佛像，石刻阿弥陀佛像头部为寺内收藏的旧物，躯体为南京艺术学院张祥水先生根据北朝石刻用石膏制作后着色仿旧，该石佛头部长颜广颐，很可能是梁朝临川靖惠王萧宏所造的无量寿佛石像遗物；石刻观音像头部较小，可能为唐代遗物。
[藏经楼]
从方丈室入内，再上台阶，便是藏经楼，栖霞寺藏经楼是国内著名的藏经楼，在全寺最高处，楼下为住持和尚起居办事的法堂，也称狮子座，供宣讲佛法之用。法座后挂有象征释迦牟尼说法传道的画像，画像两旁悬挂着1979年重修栖霞寺时赵仆初题写的对联一副："创业溯南朝想当年花雨六时朗公讲席弘三论，分身还故国喜此日海天一色鉴师重千秋"。法座前面设有讲台，台上供小佛坐像，象征听法诸佛，台下设香案，两侧置听法席。楼上为藏经之处，楼上室内正中佛龛内供奉着一尊释迦玉佛，是用整块白玉精雕细琢而成，形象颇异，为缅甸僧人赠送的物品。室内两侧放置着整齐的经柜，按《千字文》字序，存放着经、律、论三大类佛教经典著作，多达8000余册，其中最名贵的为"贝叶经"，是在娑罗树叶上烙印梵文，相传是唐僧西天取经带回，因其时代久远，弥足珍贵。此外还有一本"血书"，是清末一位女信徒滴血抄写而成。
[玉佛楼]
"玉佛楼"于1987年复建，匾额为赵朴初题定，黑底金字。楼内正中结伽趺坐的玉佛，高60英寸（1.524米），供秦朝在玻璃柜中，它是由佛光山星云大师敬献的。玉佛左右分别为药师如来佛和阿弥陀佛。进门的左侧墙壁上悬挂着"佛成道在鹿野说法度生图--从度五比丘至涅相"等共计19幅图，另有一幅"四处纪念之地（即佛祖诞生之地、领悟四圣谛之道地、初次布道之地、涅之地）图"；进门右侧墙壁上悬挂着"释迦牟尼佛八相成道图"共19幅，这些图片是美国洛杉矶西来寺捐赠的。
[宗仰上人纪念堂]
宗仰上人纪念堂紧邻"过海大师堂"，堂内正中为宗仰画像。有题联一副：说法宗三论，印心属三伽。
堂内左右两壁悬挂有若舜，寂然、方廉、青权四位栖霞寺高僧的画像。堂内还陈列有翁同和、章太炎给宗仰的题字，以及宗仰手绘图卷和其他有关史料。今日的栖霞寺，便是在民国年间的基础上修复的。
正如宗仰之法孙明常所言"民国以来，沙门尊宿，获国家褒典者，公一人而已"。
[鉴真纪念堂]
鉴真纪念堂是为纪念唐代鉴真和尚(688-763年)而于一九六三年设立的。
据史料记载，唐代高僧鉴真于天宝七年(748年)第五次东渡日本，东渡时，由于迷失航向，漂流至海南岛，他在登陆北返途中，于天宝十年(751年)途经江宁(现南京)，由其弟子灵礻右迎到栖霞寺，逗留三日后，返回扬州大明寺。
鉴真纪念堂正中佛龛内供奉一尊鉴真和尚脱袈裟千漆夹塑塑像，它是日本奈良招提寺八十一代森木孝顺长老亲自塑造，一九六三年鉴真和尚圆寂一千二百周年之际，由日本文化界、佛教界联合赠送给栖霞寺的。
鉴真和尚端坐的佛龛，在设计上别具一格，它采用扬州大明寺为模型，背景是惊涛骇浪，表现出鉴真和尚为促进中日文化交流而舍生忘死的大无畏气概。
在纪念堂内，还陈列鉴真和尚生平事迹的文献，外宾赠送的礼品，包括日本友人所赠的《鉴真和尚第六次东渡图》、《鉴真和尚纪念集》等。
[中国佛学院栖霞山分院]
中国佛学院栖霞山分院，是我国八大重点宗教院校之一，于1984年正式向全国招生，由赵朴初兼任院长、茗山法师为第一副院长。现在的栖霞山分院已具有一定的规模，教室、斋堂、宿舍、厨房等教学生活设施一应俱全，图书馆、阅览室内各种佛学文献、文化知识的书籍、佛学研究著作乃至佛学经费与日俱增，更兼栖霞寺藏经楼珍藏的八千余册经、律、论等佛教典藉，足使学僧们漫游于知识的海洋中。栖霞山分院有一个强大的师资阵容，全院有十余名专职教师，更兼寺内茗山、圆湛、雪烦、养真、吉慧等法师亲临授课，赵朴初、刘大任等也数次作学术报告，外省市各院校的教授、老师也常被请来授课。近年来，部分佛学院毕业的年青法师也被充实到教师队伍中，增加了新的血液。
对于学僧，佛学院十分重视其文化、品性等方面的素质，入学者必须通过严格的审核和各种文化知识的考试，择优录取，学院本着"学院丛林化，丛林学院化，学修一体化"的要求，强调学僧必须重视修持，过严格的宗教丛林生活，保持佛家本色，经常参加寺内的水陆法会和受戒活动，使之自戒自警、严格戒律、坚持信仰、勤奋学习。在专修课梵呗、佛学概论、丛林知识、戒律学、止观、遗教三经、二课合解、佛典选读、佛学史外，还对政治、语言、历史、地理、外语等科做系统学习。
到目前为止，栖霞山分院已培养出学僧350余人，其中100余人已考入中国佛学院深造，有的在国外攻读博士生、研究生，有的已到各寺任职，并成为骨干。学院还多次组织有关人到国外参加佛教活动，为发展世界佛教事业作出了巨大贡献。在一九九六年底和一九九七年初，受国务院宗教局与中国佛协委托，学院派出以隆相、理海为团长的12名僧人赴缅甸0、缅罗佛教界护送佛牙舍利供奉，因当地-破坏，发生了定时0，而学院师生不顾生命危险，舍身0，寸步不离佛牙舍利，保全了佛牙舍利，提高了中国佛教界在世界的威望和声誉。
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