乌鲁木齐拥有中国科学院新疆分院、中国科学院新疆生态与地理研究所、中国科学院新疆理化技术研究所、中科院新疆天文台等为主体的各类科研机构。
乌鲁木齐截止2014年末全市拥有各类科研机构79家；专业化科技中介机构18家；专业从事技术开发的机构113家；从事技术服务的机构67家；批准成立工程技术研究中心16家；拥有各类重点实验室52个；建立了5个国家级特色产业化基地。经科技部认定的高新技术企业193家，占全疆高新技术企业总数的52.0%。全年专利申请量4545件、专利授权量2362件，分别比上年增长22.8%和5.5%。乌鲁木齐地区技术市场登记技术合同597份，合同总成交金额达到2.89亿元。