1989～2005年，吉首市年均降水量1375.5毫米。降水在时间上分布不均，主要集中在4月和5月；在地域上存在差异，夏季局部区域大强度暴雨过程较明显，月径流总量由东北部向东南部递减。地表水总量年均28亿立方米。其中：本地产水9亿立方米；花垣、保靖、凤凰、泸溪和古丈流入吉首的客水量19亿立方米，客水面积2080平方千米。
吉首市境河流流量小，河床窄，坡降大，水流急，2000～2005年，平均水能蕴藏量55832千瓦，可开发量18025千瓦，占水能蕴藏量32.28%。
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