清以后改南直隶为江南省,置左、右两布政使。苏州仍称府,属县不变,隶右布政使。顺治18年(公元1661年)将右布政使自江宁移驻苏州。雍正2年(公元1724年)升太仓州为直隶州。3年(公元1725年)分江南省为安徽、江苏两省,于是江苏巡抚、江苏布政使、苏州府治和长、元、吴三县县治同驻苏州一城。咸丰10年(公元1860年)太平天国李秀成进驻苏州,以苏州为省会,建苏福省,实行省、郡、县三级制。同治2年(公元1863年)清军攻陷苏州,恢复建置如旧。光绪32年(1906年)以太湖西山置靖湖厅,隶苏州府。
清宣统3年(1911年)10月10日(公历,以下同),辛亥革命爆发。11月5日,苏州宣布独立,原江苏巡抚程德全自称苏军都督,设都督府于苏州。12月3日,改苏军都督为江苏都督,实行军民合治,称中华民国军政府江苏都督府,府所设苏州。
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