南朝刘宋武帝永初2年（公元421年），废吴国之名复称吴郡

  南朝刘宋武帝永初2年（公元421年），废吴国之名复称吴郡。南朝曾在南方广置侨州侨郡，宋孝武帝大明7年（公元463年），以吴郡属侨置南徐州。次年仍隶扬州。萧梁天监6年（公元507年），析吴郡地置信义郡。大同年间（公元535——545年）置昆山县，隶信义郡，大同6年（公元540年）改海虞县为常熟县，从此昆山、常熟二县得名。太清3年（公元549年），侯景作乱攻陷郡城，改吴郡为吴州。次年又恢复原置。陈武帝永定2年（公元558年）割吴郡所属海盐、盐官、前京县置海宁郡；后又割钱唐、富阳、新城县置钱塘郡；割建德、寿昌、桐庐等县属新安郡。吴郡辖地骤减，仅领吴、昆山、常熟、嘉兴四县。祯明元年（公元587年），析扬州地增置吴州，以原属扬州的吴郡、钱塘郡等改隶吴州，于是吴州、吴郡、吴县三级治所同驻一城。