东汉末年军阀混战，兴平2年（公元195年），孙策部将朱治攻占吴郡

  东汉末年军阀混战，兴平2年（公元195年），孙策部将朱治攻占吴郡，入城领太守事，自此吴地一直属三国孙吴政权。领县十五，吴县为首邑。孙皓宝鼎元年（公元266年），从吴郡中划出阳羡、余杭等五县与丹阳郡的数县另置吴兴郡（今浙江湖州）。

  西晋时，吴郡、丹阳郡、吴兴郡号称“三吴”。  太康元年（公元280年），晋灭吴统一全国，分天下为十九州，吴郡属扬州刺史。四年（公元283年）分吴县之虞乡置海虞县（今常熟一带）。东晋咸和元年（公元326年），晋成帝封其弟司马岳为吴王，改吴郡为吴国，置内史行太守事。其后司马岳虽徙封琅琊王，但吴国之名却一直延续到东晋末。