元代始行行省制。至元12年(公元1275年)设江淮行省,置浙西路军民宣抚司,次年即改宣抚司为平江路,属江淮行省。18年(公元1281年)升平江路为达鲁花赤(蒙语长官之意)总管府。至元28年(1291年)划江而治,江南设江浙等处行中书省,苏州属之。元贞元年(1295年)升昆山、常熟、吴江、嘉定四县为州。元末至正16年(公元1356年)张士诚入据平江,建大周政权,一度改称隆平府,次年张士诚接受元朝封册,复改为平江路。
明太祖吴元年(公元1367年),改平江路为苏州府,隶江南行中二书省。永乐19年(公元1421年)迁都北京,南京成为陪都,以江南为南直隶省,苏州府属之。
清以后改南直隶为江南省,置左、右两布政使。苏州仍称府,属县不变,隶右布政使。顺治18年(公元1661年)将右布政使自江宁移驻苏州。雍正2年(公元1724年)升太仓州为直隶州。3年(公元1725年)分江南省为安徽、江苏两省,于是江苏巡抚、江苏布政使、苏州府治和长、元、吴三县县治同驻苏州一城。咸丰10年(公元1860年)太平天国李秀成进驻苏州,以苏州为省会,建苏福省,实行省、郡、县三级制。同治2年(公元1863年)清军攻陷苏州,恢复建置如旧。光绪32年(1906年)以太湖西山置靖湖厅,隶苏州府。
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