汉高祖5年（公元前202年），刘邦攻灭项羽，汉将灌婴乘胜过江，攻破吴县，略定会稽。同年，刘邦封韩信为楚王，会稽等郡属楚王封地。次年刘邦降韩信为淮阴候，分其封地东部会稽等三郡五十二城改建荆国，以其从兄刘贾为荆王，领会稽郡，都吴。11年（公元前196年）英布反汉，杀刘贾，占领荆国封地。次年刘邦平定英布之叛，废荆国仍复为会稽郡。同年封刘濞为吴王，会稽郡遂属吴国封地。文帝前元9年（公元前171年），鄣郡并入会稽郡，郡治一度由吴县移至鄣郡（今浙江安吉县与长兴县之间），7年后复治吴县。景帝3年（公元前154年），刘濞谋叛伏诛，废吴国，复为会稽郡，领县二十四，吴县仍为首邑。
明代 张宏《西山爽气图》局部
元封5年（公元前106年），汉武帝为加强对地方的控制，分全国为十 三州部，每州设刺史一人。会稽郡属扬州刺史。此时州尚不属正式行政区域。公元9年，王莽篡汉建新朝，改吴县为泰德县。王莽新朝覆灭后，东汉光武帝于建武元年（公元25年）复改泰德县为吴县。汉顺帝时因会稽郡幅员辽阔，不便管理，遂于永建四年（公元129年）析郡地东北部另置吴郡，西南部仍为会稽郡。新置吴郡领县十三，吴县为首邑，郡治在吴县，而会稽郡治则徙往山阴（今浙江绍兴）。
东汉末年军阀混战，兴平2年（公元195年），孙策部将朱治攻占吴郡，入城领太守事，自此吴地一直属三国孙吴政权。领县十五，吴县为首邑。孙皓宝鼎元年（公元266年），从吴郡中划出阳羡、余杭等五县与丹阳郡的数县另置吴兴郡（今浙江湖州）。
西晋时，吴郡、丹阳郡、吴兴郡号称“三吴”。 太康元年（公元280年），晋灭吴统一全国，分天下为十九州，吴郡属扬州刺史。四年（公元283年）分吴县之虞乡置海虞县（今常熟一带）。东晋咸和元年（公元326年），晋成帝封其弟司马岳为吴王，改吴郡
明代姑苏山风景画
为吴国，置内史行太守事。其后司马岳虽徙封琅琊王，但吴国之名却一直延续到东晋末。
南朝刘宋武帝永初2年（公元421年），废吴国之名复称吴郡。南朝曾在南方广置侨州侨郡，宋孝武帝大明7年（公元463年），以吴郡属侨置南徐州。次年仍隶扬州。萧梁天监6年（公元507年），析吴郡地置信义郡。大同年间（公元535——545年）置昆山县，隶信义郡，大同6年（公元540年）改海虞县为常熟县，从此昆山、常熟二县得名。太清3年（公元549年），侯景作乱攻陷郡城，改吴郡为吴州。次年又恢复原置。陈武帝永定2年（公元558年）割吴郡所属海盐、盐官、前京县置海宁郡；后又割钱唐、富阳、新城县置钱塘郡；割建德、寿昌、桐庐等县属新安郡。吴郡辖地骤减，仅领吴、昆山、常熟、嘉兴四县。祯明元年（公元587年），析扬州地增置吴州，以原属扬州的吴郡、钱塘郡等改隶吴州，于是吴州、吴郡、吴县三级治所同驻一城。
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