1940年11月，新四军东进通如海启地区，随即按照“三三制”原则建立南通、如皋、海门、启东四县抗日民主政府。1941年3月，成立苏中第四行政区专员公署，1945年12月和1946年8月先后建立苏皖边区第一、第九行政区专员公署。
1945年8月，日本宣布无条件投降。又经过3年半的解放战争，1949年2月，南通城解放。华中行政办事处决定，划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区，行署机关驻南通市。当年5月，第九行政区改称苏北南通行政区。
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