建置沿革

据史书记载，早在四千年以前的新石器时代，先民就在菏泽市境内繁衍生息，保留着许多原始社会的历史遗迹，有牡丹区安邱堌堆、曹县安陵堌堆、郓城县肖堌堆、东明县窦堌堆、定陶县官堌堆、鄄城县历山堌堆等。

夏代，分属于兖、徐、豫三州。

商代，境内中部有三鬷国，定陶与曹县之间有莘国，鄄城与郓城之间有顾国、黎国。

西周，今境中部属曹国，东部属鲁国和茅国，西北部属卫国，南部属宋国，东南部有郜国，东北部有须句国，西南有贯国。

春秋战国时期，境内分属宋、鲁、卫国。秦，境内中部、北部属东郡，南部和东部属砀郡。

汉代，境内分属东郡、山阳郡、济阴郡及豫州之梁国。

三国时期，境内属曹魏的兖州。

西晋时，境域分属兖州济阴郡、濮阳国、高平国、东平国、陈留国和豫州梁国。

东晋十六国时期，境域先为后赵、前燕、前秦、后燕等国据有，后属东晋之济阴、濮阳、高平、北济阴郡。

南北朝初期，境内东部属刘宋，西部属北魏。北魏孝明帝孝昌三年（527年），置西兖州，济阴郡改属西兖州，州、郡同治定陶。不久，州郡同迁左城（今定陶县西力本屯一带）。天平元年（534年），北魏分为东、西魏，境内属东魏西兖州的济阴郡、濮阳郡。北周武帝宣政元年（578年），北周灭北齐，改西兖州为曹州，仍治左城，是为曹州得名之始。

隋代，境内中部属曹州，北部属濮州，东北部属郓州，东南部属戴州，南部属宋州。

唐代，境内属河南道。

五代十国时期，境域分属曹州、濮州、郓州、宋州、单州。

北宋，境内初属京东路。

元代属中书省。

明代，境内大部属山东承宣布政使司所辖的兖州府，西部和北部各有一部分，个别属京师大名府和山东布政使司所辖的东昌府。明洪武元年（1368年），因水患将曹州迁徙安陵镇（今牡丹区大黄集镇安陵集），次年又迁至盘石镇（今曹县城）。洪武四年（1371年）降曹州为曹县。明正统十年（1445年），复置曹州，领两县。

清雍正二年（1724年）曹州升为直隶州。雍正十三年（1735年），曹州升为府，辖1州10县。

中华民国初期，境内除东明县属直隶省外，其他全属山东省。民国三年（1914年）省、县之间增设道，境内大多数县属济宁道。民国十四年（1925年）10月22日，山东省将原4道增为11道，境内大部分县属曹濮道，东明县属直隶省大名道。民国十七年（1928年）废道制，东明县属直属河北省，其余县直属山东省。民国二十一年（1932年）南京国民政府规定省下设行政督察区，于菏泽设立山东省第二行政督察区，除东明县属河北省第十七行政督察区外，其余各县皆属之。

民国二十七年（1938年）夏至民国三十四年（1945年）8月，中国共产党在境内建立了冀鲁豫第八、第十、第十一专区。解放战争时期，第八专区改为第二专区，第十专区改为第五专区，第十一专区改为第三专区，新建了冀鲁豫第七专区。

民国三十七年（1948年）9月，菏泽全境解放。民国三十八年（1949年）3月，中国共产党在菏泽建立的冀鲁豫第二、三、五、七专区分别更名为临河、湖西、鲁西南、运西专区。同年8月，平原省建立，将临河、鲁西南、运西专区的部分县合并为菏泽专区，与湖西专区同属平原省。

1952年11月，平原省撤销，菏泽、湖西专区归属山东省。原菏泽专区所辖的东明县划归河南省郑州专区。

1953年8月20日，湖西专区撤销，单县、复程、成武、巨野划归菏泽专区，嘉祥、金乡、鱼台划归济宁专区，同时撤销南旺县，析入梁山和嘉祥县。

1953年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、定陶、曹县、单县、复程，菏泽市的区域基本形成。

1956年3月6日撤销复程县，析入曹县和单县。1958年12月，撤销定陶县，析入成武和菏泽县；同时撤销菏泽专区，其所辖菏泽、鄄城、郓城、梁山、巨野、成武、曹县、单县等8县划归济宁专区。

1959年9月，菏泽专区恢复，仍领原8县。1960年10月，改菏泽县为菏泽市，同时将济南市的平阴县划归菏泽专区。1961年3月，平阴县划归泰安专区。10月，恢复定陶县。1963年3月16日，改菏泽市为菏泽县。4月，东明县由河南省开封专区划归菏泽专区。同年底，菏泽专区共辖10县：菏泽、曹县、定陶、成武、单县、巨野、梁山、郓城、鄄城、东明。1967年3月改菏泽专区为菏泽地区。

1983年9月，菏泽县再次改为菏泽市（县级）。1989年12月22日，梁山县划归济宁市。2000年6月10日，经国务院批准，改菏泽地区为菏泽市（地级），原菏泽市（县级）更名为牡丹区。