清初沿明制。肇庆府为广肇罗道治所，隶广东省。顺治六年(公元1649年）置开平县；雍正九年（公元1731年）置鹤山县，时肇庆府领德庆州及高要、四会、新兴、高明、广宁、开平、鹤山、封川、开建、阳江、阳春、恩平等12县。同治九年（公元1870年），阳江县升直隶厅，割领阳春县、恩平县。光绪三十四年（公元1908年）怀集县由梧州府改隶平乐府信都厅。
[13] 清代在省与府之间设道，如分巡肇罗道、分巡肇阳罗道、分巡广肇罗道等，道台多设在肇庆。1912年以后，先后设肇罗军政分府、肇阳罗镇守使署、西北军绥靖委员行署等于肇庆；1936年，设置 广东省第二行政督察专员公署，辖12个县。
中华人民共和国成立后，肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月，肇庆改为省辖市，辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。
1992年12月，经肇庆市人民政府同意，设立大旺综合经济开发区（简称大旺区），赋予相当于县一级行政、经济管理职能，保留广东省国营大旺华侨农场的牌子，实行两块牌子一套班子。
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