肇庆元至元十七年（公元1280年）改肇庆府为肇庆路

   肇庆元至元十七年（公元1280年）改肇庆府为肇庆路，置总管府，隶广西道（二十九年改隶广东道）。至顺元年（公元1330年)设7县，隶2路2州：端溪县、泷水县隶德庆路；高要县、四会县隶肇庆路 ；封川县、开建县隶封州 ；新兴县隶新州 ；统属江西等处行中书省。元至元十五年（公元1278年）怀集县改属湖广等处行中书省贺州；至正二十三年（公元1363年）属广西行中书省之贺州。

  肇庆明洪武元年（公元1368年），复称肇庆府，隶广东布政使司。肇庆府领5县1州：高要、四会、新兴、阳春、阳江及德庆州。成化十一年（公元1475年）析高要地置高明县；十四年置恩平县。嘉靖五年（公元1526年）析高要东境部分置三水县；嘉靖三十八年析四会地置广宁县。万历五年（公元1577年）升泷水县为罗定州(领东安县、西宁县)，直隶广东布政使司。至此，肇庆府领：德庆州、高要、四会、新兴、阳江、阳春、广宁、高明、恩平等1州8县。时怀集县属广西梧州府。

  肇庆明嘉靖四十三年（1564年），两广总督府从广西梧州移驻肇庆，直到清乾隆十一年（1746年）才迁往广州，历时182年。1646年，朱由榔以肇庆府署为行宫，即位称帝，改称永历，在肇庆组织军民抗清。