明洪武元年（公元1368年），复称肇庆府

  明洪武元年（公元1368年），复称肇庆府，隶广东布政使司。肇庆府领5县1州：高要、四会、新兴、阳春、阳江及德庆州。成化十一年（公元1475年）析高要地置高明县；十四年置恩平县。嘉靖五年（公元1526年）析高要东境部分置三水县；嘉靖三十八年析四会地置广宁县。万历五年（公元1577年）升泷水县为罗定州(领东安县、西宁县)，直隶广东布政使司。至此，肇庆府领：德庆州、高要、四会、新兴、阳江、阳春、广宁、高明、恩平等1州8县。时怀集县属广西梧州府。

  明嘉靖四十三年（1564年），两广总督府从广西梧州移驻肇庆，直到清乾隆十一年（1746年）才迁往广州，历时182年。1646年，朱由榔以肇庆府署为行宫，即位称帝，改称永历，在肇庆组织军民抗清。

清初沿明制。肇庆府为广肇罗道治所，隶广东省。顺治六年(公元1649年）置开平县；雍正九年 （公元1731年）置鹤山县，时肇庆府领德庆州及高要、四会、新兴、高明、广宁、开平、鹤山、封川、开建、阳江、阳春、恩平等12县。同治九年（公元1870年），阳江县升直隶厅，割领阳春县、恩平县。光绪三十四年（公元1908年）怀集县由梧州府改隶平乐府信都厅。