此后许多年工布地区都由工布王统治。
到了萨迦时期和帕竹时期（13-16世纪），林芝市成了藏传佛教噶玛噶举派的势力范围。17世纪甘丹颇章政权成立，林芝市被分封为阿沛、江中、甲拉等几家地方首领的领地，不久又划分成立了则拉、觉木、雪卡、江达等宗。而波密地方，长期为土酋噶朗德巴统治，处于割据状况。
民国二十年（1931年），西藏地方政府将林芝波密地方划为波堆、波密两宗，墨脱地区改为墨脱宗。
1959年中央人民政府平定西藏叛乱后对西藏实施全面直接管辖，开始实行民主改革。
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