昌都湖泊数量多但规模很小，超过10平方千米的湖泊

  昌都湖泊数量多但规模很小，超过10平方千米的湖泊，仅有莽错（面积18平方千米，海拔4310米）和然乌湖（面积含安贡错18.4平方千米，海拔约3800）2个。此外，较大的湖泊还有布托错青（面积9.0平方千米，海拔4660米）、布托错穷（面积6.4平方千米，海拔4590米）、仁错（面积3.7平方千米，海拔4430米）。昌都的湖泊全部为外流淡水湖。湖泊的成因多样，有构造成因、冰川成因以及其他成因（如堵塞谷地成湖）等。其中莽错形成与构造活动有关。但本市湖泊大多为古冰川作用形成的冰川湖，如布托错青和布托错穷，其中面积在1平方千米以下的高山湖泊基本上都为冰川湖泊。也有一些湖泊为现代谷地被山崩、滑坡或泥石流堵塞形成的湖泊，如然乌湖就是由山崩堵塞而形成的。