阿拉善盟河流水系主要以内陆河水系为主

  阿拉善盟河流水系主要以内陆河水系为主，东部有黄河过境，西部有黑河流入，洪水冲沟长度在10公里以上的共27条，四大沙漠由于接受降雨后渗流通畅，形成许多湖泊和时令湖盆。

  黄河从宁夏回族自治区石嘴山市进入阿盟，沿阿盟东南边境在磴口县二十里柳子出境，全程85公里，流域面积31万平方公里，多年平均径流量315亿立方米。

  黑河是中国第二大内陆河，发源于祁连山，终止于居延海。流经青海省、甘肃省和内蒙古自治区，干流全长821公里，流域面积14.29万平方公里，水资源总量27.75亿立方米。正义峡以下为下游，经甘肃省鼎新镇最后注入阿盟额济纳旗东西居延海，河道长333公里，流域面积为8.04万平方公里，为戈壁荒漠。

  阿拉善盟的山沟泉溪主要发源于贺兰山、雅布赖山、龙首山等山区，共70多处，流域面积2676平方公里，由降雨补给而形成。泉溪清水流量287升/秒，年清水总量905万立方米，年平均洪水总量4800万立方米。

  阿拉善盟的湖泊较多，以四大沙漠中的湖盆为主。沙漠湖盆是接受降水补给而形成，比较稳定。四大沙漠中湖盆共有415处，总面积达6700平方公里，其中：季节性湖泊4546平方公里，永久性湖泊231平方公里。