北宋宝元元年（1038年），西夏建国时设12监军司

  北宋宝元元年（1038年），西夏建国时设12监军司，贺兰山坚军驻守贺兰山沿线，守军5万人。在居延地区设置“黑山威福军司”，治所为今额济纳旗东南黑城。

元朝设亦集乃路，属甘肃行中书省管辖，管理军政事务，总管府驻哈拉浩特（黑城）。

明朝时期，北元和瓦剌势力先后占据阿拉善地区。明洪武五年（1372年），明军西路军5万骑出塞，兵锋直指亦集乃路，哈拉浩特守将卜颜帖木尔降明，黑城废弃。明中期以后为蒙古达延汗属部的游牧地。

  清朝初年，蒙古鄂尔多斯部额琳沁、固鲁岱青游牧阿拉善地区。顺治六年（1649年），因大札木苏叛乱，所部移牧河套地区。清康熙十五年（1676年），卫拉特准噶尔部部长噶尔丹击败和硕特部鄂齐尔图汗。康熙十六年（1677年），顾实汗孙和罗理率和硕特余部庐帐万余，自新疆迁徙，途经青海大草滩，移牧阿拉善地区。康熙三十六年（1697年），设旗编佐，正式设置阿拉善和硕特旗。康熙三十七年（1698年），徙牧于伏尔加河流域的土尔扈特部阿玉奇汗族弟纳扎尔玛穆特之子阿喇布珠尔，率部西藏礼佛，归路被阻，请求内附，清廷赐牧党河、色尔腾地方。雍正七年（1729年），阿喇布珠尔之子丹忠晋封多罗贝勒。雍正九年（1731年）以后移牧额济纳河流域。乾隆十八年（1753年），设额济纳旧土尔扈特旗。两旗上不设盟，直属清廷理藩院管辖。