公元1522年，明朝裁金齿军民指挥使司和腾冲军民指挥使司，原金齿军民指挥使司和腾冲军民指挥使司辖地合设永昌军民府、所属军事卫所，潞江安抚司、镇道安抚司、杨塘安抚司、瓦甸安抚司、凤溪长官司、施甸长官司、茶山长官司等划入永昌军民府；公元1524年，原金齿军民指挥使司直辖地设保山县， 原腾冲军民指挥使司直辖地设腾越州；永昌军民府领澜沧江以西所有土司、土府、土州、州、县以及澜沧江以东的永平县。
公元1659年5月，满清征南将军赵布泰、提督线国安率军攻入保山，在保山等地进行大规模屠城（史称“永昌之屠”），清缴南明残余势力。清朝在保山设永昌府，领土府一，厅、县、土州、长官司各二及安抚司三，宣抚司五，是云南省领州县级政区最多、设治也最复杂的府。
公元1913年，民国政府在全国推行省、道、县三级管理体制，永昌府被裁撤、所属行政区由上一级的滇西道（后改腾越道）直辖；公元1930年，裁腾越道（原滇西道）、设第一殖边督办，辖云南西部12个县、10个行政区；公元1938年，裁第一殖边督办、所属县一级行政区由省府派出的行政督察专员管辖； 今保山境先后归滇西道（腾越道）、第一殖边督办、省府派出的行政督察专员管辖
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