元朝起，为西蒙古（漠西蒙古即厄鲁特蒙古）游牧区、统治区

  元朝起，为西蒙古（漠西蒙古即厄鲁特蒙古）游牧区、统治区，清朝前期为西蒙古之一的准噶尔汗国统治区。蒙古语巴音是富饶，郭楞是河流或流域。

清乾隆二十四年（公元1759年）平定准噶尔之后，设置喀喇沙尔办事大臣，所属焉耆、库尔勒、布古尔实行伯克制。“丝绸之路”南道的卡墙（即今州且末县）、卡克里克（今州若羌县）隶属于阗办事大臣管辖。

  乾隆三十六年（公元1771年），西蒙古土尔扈特部最后的可汗渥巴锡率领土尔扈特及和硕特蒙古人东归故土，1774年按乾隆谕旨移居巴音布鲁克草原。乌纳恩苏珠克图盟旧土尔扈特部南路四旗五十四苏木和巴图色勒图盟和硕特中路三旗十一苏木共游牧于珠勒都斯，实行札萨克制，由喀喇沙尔办事大臣兼辖，伊犁将军节制。