清康熙十七年（1678年），准格尔汗国曾一度控制吐鲁番

  清康熙十七年（1678年），准格尔汗国曾一度控制吐鲁番，与清朝反复争夺。清雍正十年（1732年），准格尔进攻吐鲁番，额敏和卓不敌，率部八千余人迁入甘肃瓜州（今甘肃安西）。清朝乾隆二十年（1755年），清平定准格尔，吐鲁番属清王朝。1756年，额敏和卓率部迁回鲁克沁（今鄯善县鲁克沁）。清乾隆二十三年（1758年），清封额敏和卓为郡王。清乾隆二十四年（1759年），清置辟展（今鄯善县城）办事大臣及同知，隶甘肃布政司。建吐鲁番六城：辟展（今鄯善县城）、吐鲁番城（今吐鲁番市东南）、鲁克沁、色更木（今胜金）、哈喇和卓、托克逊。办事大臣驻辟展。设办事大臣后，吐鲁番实行军府制与扎萨克制并行，扎萨克由郡王担任。清乾隆三十六年（1771年）设辟展巡检。清乾隆四十四年（1779年），辟展办事大臣改为吐鲁番领队大臣，及同知，移驻广安城（今吐鲁番市老城），行政中心移吐鲁番市。清同治九年（1870年），浩罕汗国阿古柏侵占吐鲁番、辟展、托克逊各城，在各城建回城。清光绪三年（1877年），清收复吐鲁番、辟展、托克逊。清光绪十年（1884年），新疆建省。吐鲁番直隶厅成立，辖今吐鲁番、鄯善、托克逊范围。清光绪二十八年（1902年），辟展巡检改置为鄯善县，隶属吐鲁番厅。