水文特征
境内沟壑交错、河流纵横，由东北向西南分布有托什干河、博古孜河、恰克玛克河、克孜勒苏河、盖孜河、库山河、叶尔羌河等七大水系。
除上述七大水系外，自治州南部还有艾格孜牙、且木干、铁列克、克孜勒治业克等大小河流100余条。这些河流大都为内陆河。
共有天然湖泊18处、35个，其中淡水湖多集中于阿克陶县的布伦口、苏巴什一带，大的为布伦库勒湖、喀拉库勒湖。阿合奇县西北部山区也有少量淡水湖。淡水湖多为高山湖泊，一般海拔都在3000米以上，另外还有部分冰湖。咸水湖（盐湖）多分布于阿图什市北部盆地，大的为硝尔库勒和吐孜苏盖特盐湖。
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