克孜勒苏柯尔克孜自治州辖1个县级市、3个县，即阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县。共有2个街道、5个镇、32个乡，23个社区、208个村委会。自治州人民政府驻阿图什市帕米尔西三院。
阿图什市 面积15697.78平方千米，人口25.1万人。区号0908，邮编845350。市人民政府驻帕米尔路。
阿克陶县 面积24555.06平方千米，人口20.32万人。区号0908，邮编845550。县人民政府驻阿克陶镇。
阿合奇县 面积11545.38平方千米，人口 4万人。区号0908，[3] 邮编843500。县人民政府驻阿合奇镇。
乌恰县 面积19118.11平方千米，人口 6.4万人。区号0908，邮编845450。县人民政府驻乌恰镇。
州人民政府住所地：阿图什市帕米尔西三院，邮政编码：845350
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