阿勒泰地区是新疆丰水区之一。有额尔齐斯河、乌伦古河、吉木乃山溪三大水系

  阿勒泰地区是新疆丰水区之一。有额尔齐斯河、乌伦古河、吉木乃山溪三大水系，大小河流共56条，年总径流量133.7亿立方米，其中，地表径流量为122.5亿立方米，占自治区地表径流量的14.7%。开发利用的地表径流量仅28亿立方米，其余都流入哈萨克斯坦共和国境内。额尔齐斯河是新疆的第二大河流，在我国境内干流总长593公里，年径量为119亿立方米。阿勒泰地区水能理论蕴藏量4750.71兆瓦，可装机容量2139兆瓦。

额尔齐斯河河谷风区属于新疆九大风区之一，预计可装机150万千瓦。全地区有各类水库共48座（其中大型水库2座、中型水库11座、小型水库35座），总库容9.36亿立方米。