清朝政府统有伊犁，始自对准噶尔的平定。1755年，清朝政府在断续数十年对准噶尔部的征战后，乘准噶尔内讧之际，发兵讨伐准噶尔部首领达瓦齐，大获全胜，即指著名的格登山之役。
清朝统一西域后，于1762年在伊犁设立了“总统伊犁等处将军”，作为当时新疆高行政和军事长官，统辖天山南北各路驻防城镇及归附清朝的中亚和哈萨克各部。
尔后在伊犁将军所在地——伊犁河谷开始了大规模开发建设，其中著名的就是修建“伊犁九城”。其中惠远城为伊犁将军驻地，也是当时新疆政治、军事中心。
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