伊犁虽是察合台汗王的封地

  伊犁虽是察合台汗王的封地，但由于伊犁的战略地位，蒙古帝国和以后的元朝中央政府实际上是直接管理伊犁的。元朝建立后，元世祖忽必烈于1268年派皇子北平王那木罕出镇阿里马城。1275年，又派丞相童以行中书省、枢密院事辅佐那木罕。1306年元朝政府将窝阔台兀鲁斯领地划归察合台汗国，元朝的统治达到包括伊犁在内的中亚地区。

  16世纪20年代，察合台系的蒙古人已大部融合于四周信仰伊斯兰教的民族之中。1677年，进入新疆的瓦剌又称厄鲁特、卫拉特、内分准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四部中的准噶尔逐渐取得统治地位“以伊犁为会宗之地”。