1644年（清顺治元年），本溪市区、本溪县属于辽阳府

  1644年（清顺治元年），本溪市区、本溪县属于辽阳府；1657年（清顺治十四年）移府盛京（后改为奉天府），降辽阳府为辽阳县；1664年（清康熙三年），升辽阳县为辽阳州；至1906年本溪县设治前，本溪市区、本溪县分属于奉天府辽阳州、兴京抚民厅、凤凰厅三地。清康熙年间桓仁一带被列为封禁地；1877年（清光绪三年）设置怀仁县，隶兴京抚民厅。^[3] 

日俄战争结束以后，日本帝国主义在本溪地区活动频繁，强行开采煤炭资源，中日交涉事宜日多；加之本溪地处山区，煤炭。木材、山货等资源丰富，人烟日渐稠密，匪息屡起。盛京将军赵尔巽，鉴于本溪地区的实际情况，为加强对这个地域的管理，于1905年（清光绪三十一年）10月28日奏请请：“辽阳州属本溪湖附近一带，毗连兴京、凤凰，万山重叠，路径分歧，为盗渊薮，应另设知县。”1906年（清光绪三十二年）7月筹设县署衙门，同年10月，清政府正式批准将辽阳州东部、兴京抚民厅西南部、凤凰厅北部地区划出，设本溪县建置。据《清实录》载：“光绪三十二年十月辛卯，添设本溪知县，从盛京将军赵尔巽之请也。”本溪县设置后，始属东边道，后属奉天首。