东周前，属古扬州。
春秋，处于吴、楚边域。
战国，前期处于越、楚边域，后期为楚地。
秦，属九江郡地。
西汉，高祖六年（前201年）建县，因《山海经》所记“南方有赣巨人”而得名赣县，属豫章郡，县治益浆溪。
新莽，隶九江郡。
东汉，建武元年（25年）改九江郡复豫章郡名。兴平二年（195年），孙策分豫章置庐陵郡，赣县属之。
三国，孙吴嘉禾五年（236年）分庐陵郡置庐陵南部都尉，赣县属之。同年析赣县地置平阳县。
西晋，太康三年（282年）改南部都尉为南康郡，赣县属之。太康末（289年）县治徙葛老故城（今赣州市章贡区水东一带）。
东晋，永和五年（349年），郡、县治徙章贡二水间（今赣州市区）。刘宋改郡为国，赣县属南康国。齐复南康郡，梁、陈因之。陈时赣县与南康县互易名。
隋，平陈废郡为州。开皇九年（589年），因虔化水取名虔州。同年平固县归并赣县。
唐，赣县属虔州。
五代，杨吴属百胜军。南唐改昭信军。
北宋，开宝八年（975年）复称州，赣县仍属虔州。太平兴国七年（982年），析赣县7个乡（原平固县地）置兴国县。
南宋，绍兴二十三年（1153年），因“虔”字为虎头，含杀意，非佳名，奏准取章贡二水合流意改称赣州。元属赣州路。
明、清属赣州府。
中华民国时期先后直隶省、赣南道、第十一行政区、赣南专区、第九行政区、第四行政区。
1949年8月14日，赣县解放，成立赣县人民政府。同时析赣州镇设立县级赣州市。赣县区先后隶属赣州分区、赣西南行政区、赣南行政区、赣州专区、赣州地区、地级赣州市。
1969年7月，县城由赣州市徙梅林镇。
2016年10月，江西省政府印发通知，按国务院有关批复精神，同意撤销赣县，设立赣州市赣县区，以原赣县的行政区域为赣州市赣县区的行政区域。
2016年12月28日，赣州市赣县区正式挂牌成立。
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