2001年12月3日，撤销信丰乡，划归石口镇；撤销峡山乡、杨埠乡，合并组建杨埠镇；撤销禾斛岭镇、九龙乡，合并组建九龙镇；将华林岗乡的流芳等6个行政村划归余干镇（赣民字[2001]570号批复）。
2002年底，余干县辖7个镇、21个乡，20个居委会、392个行政村。2003年4月7日，撤销华林岗乡，成建制划归余干镇管辖，并将余干镇更名为玉亭镇（赣民字[2003]51号批复）。2003年10月21日，撤销邓墩乡，成建制划归社赓乡管辖；撤销梅溪乡，成建制划归瑞洪镇管辖；撤销五雷乡，成建制划归黄金埠镇管辖（赣民字[2003]273号批复）。2003年底，全县总人口84.9万人。
2004年6月15日，《关于余干县设立乌泥镇的批复》（赣民字[2004]156号）：（1）将石口镇的乌泥、港背、铜鼓包村、以及常山村、的赵家析出，设立乌泥镇，镇政府驻乌泥村。（2）调整后，乌泥镇辖迎康居委会和乌泥一、乌泥二、乌泥三、港背、铜鼓包5个村；石口镇辖永安居委会和石口、常山、渔池、五菱、刘埠、吴家、詹家7个村，镇政府驻石子口。2004年底，全县辖6镇19乡。
2005年，全县辖6个镇、19个乡：玉亭镇、瑞洪镇、黄金埠镇、石口镇、古埠镇、乌泥镇、康山乡、古竹乡、东塘乡、东源乡、大塘乡、新生乡、鹭鸶港乡、三塘乡、金山嘴乡、洪家嘴乡、白马桥乡、江埠乡、禾山乡、枫港乡、大溪乡、杨埠乡、九龙乡、梅港乡、社庚乡。（根据江西民政厅网站“余干县辖8镇17乡”）。
2006年1月20日，撤销新生乡、东源乡，成建制划归瑞洪镇管辖；撤销余干县古竹乡，成建制划归石口镇管辖；撤销余干县禾山乡，成建制划归枫港乡管辖；撤销余干县金山嘴乡，成建制划归三塘乡管辖（赣民字[2006]5号批复）。
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