荜茇有温中散寒、下气止痛的作用。可以用于脾胃虚寒或者寒湿困脾，所致的脘腹胀满、呕吐泄泻、腹痛肠鸣等。常与白术、肉豆蔻、干姜等配伍同用，比如荜茇散。也可以用于龋齿压痛、风寒性的头痛、鼻窦炎等的治疗。现在药理研究，荜茇有降低总胆固醇、改善冠脉供血、抗心律失常、镇静、镇痛解热的作用。近期也有应用毕拔治疗三叉神经痛和乳腺炎的报道。