现代鳄鱼、鸟类都有类似方式的呼吸方式、辅助呼吸系统，有可能是三叠纪的原始主龙类已经演化出这种呼吸系统，而大部分后代都有类似呼吸系统，例如：恐龙、翼龙类、鳄形超目，研究人员也推测，主龙类的特殊呼吸方式，也是它们与似哺乳爬行动物的竞争过程中，逐渐占优势的原因之一。在三叠纪时期，大气层中的含氧量较低，主龙类的特殊呼吸方式，使呼吸效能较高，较具竞争优势。在2010年的一项研究，发现美国短吻鳄有独特呼吸方式。
这项研究发现，当美国短吻鳄吸气时，吸进的空气会进入第二支气管，流经交换气体的第三支气管，进入第yi支气管。当美国短吻鳄呼气时，空气会经由第二支气管、第三支气管、第yi支气管，从气管呼出体内。现代鸟类也有类似的呼吸方式，在呼吸过程中，空气以单向方式在气囊内流通；而哺乳动物的呼吸方式，则是反复方向的空气流通，气体在肺泡交换。除了现代鸟类以外，许多恐龙演化支也被发现拥有气囊，可以增进它们的呼吸效能。
对于鳄鱼，在淡水江河边的林荫丘陵营巢（距海6万米以上）它们用尾巴扫出一个7～8米的平台，台上建有直径3米的安放鳄卵的巢，巢距河约4米，以树叶丛荫构成，每巢有白色硬壳卵50枚左右，大小约80×55毫米；母鳄鱼守候在巢侧，时时甩尾巴洒水湿巢，保持30～33℃温度，75～90天孵化；雏鳄出壳长240毫米，1年可长到480毫米，3年可达1156毫米，重5.2公斤。
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在鳄鱼交配期间，公鳄发出响亮而连续的类似击鼓的声音，以招引母鳄。这时，它们昂着头，大张着嘴。婚戏通常是在水中进行的,如果公鳄在自己的领地上遇到母鳄，第yi件事便是把尾巴露出水面，尾端仍留在水中呈弧形地举起作为打招呼。另外，它还抬起头，正好与水面齐平，它的颈部膨大起来，两腮呈透明泡状鼓起。颌部噼啪作响，并用尾部击水，把身旁的水都搅动起来。然后它便去追逐游开去的母鳄。赶上后，先并肩而游，然后稍稍超前，便兜着圈子游。母鳄把吻尖露出水面并发出喉音。这时公鳄便默不作声了。追逐结果，母鳄或者摆脱自己的追逐者，或者让它用前掌抱住自己的颈部骑上身去。这时两条鳄鱼的尾部互相扑通扑通地打出声来。由于公鳄用前掌紧紧抱住母鳄，所以它们就能以这种方式游上一段时间。到深水处母鳄会潜入水下；在浅水处，公的则侧身躺着。时间为半分钟到两分钟。13～14小时的婚戏结束后，鳄鱼便躺下休息了。
埋卵的窝一般离水边线5～10米，如果岸边是缓坡，则窝高出水面两米，而且一般都选择没有石头的、铺着松软的沙子的荫凉处。母鳄鱼用前掌挖窝，后掌则将沙子扒到两边；除草是用牙齿和前掌来干的。把卵埋到湿沙下20～50厘米的地方，荫凉的范围愈小，坑便挖得愈深，有口大内小的圆形长廊通向巢穴。
成年鳄鱼经常在水下，只有眼鼻露出水面。它们耳目灵敏，受惊立即下沉。午后多浮水晒日，夜间目光明亮。幼鳄则带红光。鳄鱼5～6月交配，连续数小时，而受精仅1～2分钟；7～8月产卵。雄鳄独占领域，驱斗闯入者，一雄率拥群雌。常食鱼、蛙、虾、蟹、龟、鳖。咀嚼力强，能碎裂硬甲。
鳄鱼的卵是利用太阳热和杂草受湿发酵的热量进行孵化的。幼鳄的性别由孵化的温度决定，但母鳄会平衡所产儿女的比例。它们会把有的巢建在温度较高的向阳坡，有的巢建在温度较低的低凹遮蔽处。每一次会产20-90枚蛋。鳄鱼之所以存活了1亿年是因为它大概是迄今为止对环境适应能力强的动物，它对环境的适应性表现于以下几个方面：
1.头部进化精巧，在时可保证仅眼耳鼻露出水面，极大地保持了隐蔽性。
2.在爬行动物中拥有难以置信的发达心脏，为4心房，正常爬行动物只为3心房，接近哺乳动物水平。
3.心脏能在捕lie时将大部分富氧血液运送到尾部和头部，极大增强了爆发力。
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鳄鱼一种变温动物，卵生动物。鳄鱼是珍贵的爬行动物。除了现存的鳄鱼，曾经在地球上出现过普鲁斯鳄、帝鳄、恐鳄、巴里纳斯鳄这样的远古巨型ding级掠食者。鳄鱼显然不是鱼类，而是一种爬行动物，鳄鱼之名，或是由于其像鱼一样在水中嬉戏，故而得名“鳄鱼”。
鳄鱼是迄今发现活着的早和原始的爬行动物之一。它出现于三叠纪至白垩纪的中生代（约两亿年前），性情凶猛的脊椎类爬行动物，它和恐龙是同时代的动物，属肉食性动物。公认鳄鱼的品种共23种。中国国内驯养繁殖的鳄鱼种类有：鳄鱼，暹罗鳄，湾鳄，尼罗鳄；其中国家允许经营利用的鳄鱼种类有三种：暹罗鳄，湾鳄，尼罗鳄。其中暹罗鳄（又俗称泰鳄）是在我国北方广泛被人工驯养鳄鱼。
鳄鱼是生态价值、科学价值和具有一定经济价值的爬行动物。因此，世界上一些国家积极发展人工养殖鳄鱼的行为。
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